Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Ходыков М.В., Попцова М.С., Нечипуренко Ю.Д., Гроховский С.Л. «Моделирование механохимического расщепления днк под действием ультразвука» Биофизика, 59, № 6, с. 1061-1070 (2014)

Проведено моделирование динамики растяжения фрагмента двойной спирали ДНК в высокоградиентном течении жидкости вблизи схлопывающихся кавитационных пузырьков. Рассчитанные профили изменения упругих напряжений вдоль модели фрагмента полимера использованы для расчета скоростей механохимического расщепления в различных позициях рестриктных фрагментов ДНК. Полученные модельные профили скоростей расщепления качественно согласуются с профилями интенсивностей ультразвукового расщепления рестриктных фрагментов ДНК, полученными экспериментально. Предложенная модель позволяет также связать экспериментально обнаруженную нами ранее специфичность ультразвукового расщепления ДНК к нуклеотидной последовательности с особенностями локальной конформационной динамики Р-D-дезоксирибозы в В-форме двойной спирали. Количественные оценки скоростей ультразвукового расщепления ДНК для различных конформационных состояний Р-D-дезоксирибозы, полученные на основе предложенного подхода, качественно согласуются с экспериментальными данными. Ключевые слова: расщепление днк под действием ультразвука, акустическая кавитация, меxа- mxимическое расщепление полимеров, контекстно-зависимые свойства днк,конформационная динамика днк, псевдовращение цикла р-d-дезоксирибозы.